2016年9月25日，“中国天眼”落成启用的当天，他见证“天眼”的“开眼”，指导“天眼”的调试，2017年9月15日，他建起一台世界最大最强的射电望远镜后，永远地闭上了双眼。2018年10月15日，中国科学院国家天文台宣布，将一颗国际永久编号的小行星，正式命名为“南仁东星”。从此，浩瀚天空多了一颗用“中国心”铸就的“中国星”。
南仁东从事的天文学事业，属于“射电天文”。什么是射电天文？由此追寻，天文学可分为三大时代：用眼观天的第一时代，用光学望远镜观天的第二时代，用射电望远镜观天的第三时代。
“往古来今谓之宙，四方上下谓之宇。”几千年前，中国人通过观天象，提出了宇宙既是空间概念也是时间概念；并把对宇宙各个层次的理解，如天干地支、阴阳五行等布置在罗盘各层的同心圆里。汉语“星罗棋布”，正是对罗盘的一个颇为形象的比喻。罗盘上有一个磁针，这一磁针何时传入欧洲？恩格斯在《自然辩证法》中说：磁针被阿拉伯人从中国传到欧洲人手里，时间约在1180年。
由于有罗盘，远航不会迷失方向。早在意大利人克里斯托弗·哥伦布出生之前，明代郑和率领巨大船队出使西洋，他是真正的大航海时代的先驱。英国科学技术史专家李约瑟曾评价说，东方的中国人航海全副武装，却从容温和，慷慨大方，从不威胁他人的生存，不征服异族，也不建立要塞。可以说，直到欧洲文艺复兴前，基于先进的天文学成就，中国具有世界上特别发达的农业和航海技术。但在天文第二时代，波兰天文学家尼古拉·哥白尼、意大利天文学家伽利略·伽利雷用光学望远镜观天，伴随而来的科技进步竟推举出一个工业时代。当今属于天文第三时代，世界各国的射电天文是怎样的状况？英国的射电望远镜最早发现了脉冲星，有人因此获得诺贝尔奖。德国有100米口径的可转动射电望远镜。美国350米口径射电望远镜，被评为人类20世纪十大工程之首，其重要性被认为超过阿波罗登月。这是为什么？因为它对整个自然科学的影响是其他一些发明不能相比的。
1993年，科学家在国际无线电科学联盟大会上提出，建造新一代射电望远镜。南仁东兴奋不已：“如果能抓住这个时机，中国的天文学研究就有可能领先国际几十年。”然而，对于20世纪90年代初的中国，这个500米口径球面射电望远镜的建造计划，大胆得近乎疯狂，无论地质条件、技术条件，还是工程成本，都难以达到。
清代纪昀在《阅微草堂笔记》中有言：“明知山有虎，偏向虎山行。”困难越多，难度越大，南仁东越是选择攻坚克难，越是坚持勇往直前。建设“中国天眼”，不仅涉及天文学、力学等几十个领域，而且对台址的选择有着严格要求。“我不是一个战略大师，我是一个战术型老工人。”为选到合适的台址，从1994年到2005年，南仁东每天翻山越岭，走遍了贵州上百个窝凼。
选址和论证环节，已耗费数年时间和精力，接下来立项必须成功；否则，就意味着先前的工作都是白费。申请立项那些日子，南仁东像变了一个人，自掏路费南来北往，到处“化缘”。2007年，“中国天眼”被国家批准立项。
失败乃成功之母。2010年工程开工前夕，得知前期所做的索网实验均失败后，南仁东坚定地说：“我们没有退路，必须再做！”人生历程，大抵逆境居多，所谓“人生不如意十之八九”，而顺逆之境又常相间而出。小逆之后会有小顺，大逆之后说不定有大顺。这也许是事物发展的规律。可有的人一遇小灾小难，小遇逆境，就一蹶不振，怨天尤人，英雄气短；而对于智者来说，即便身处逆境甚至绝境，也能静观其变，清醒待之。经过近百年失败，终于研制出：强度为500兆帕、抗200万次拉伸的钢索，把材料工艺提高到国标的2.5倍。
“中国天眼”是中国的，也是世界的。在建设阶段，德国朋友帮助完成工程仿真，澳大利亚朋友帮助完成19波束接收机......南仁东心中的目标，就是为下一代科学家，建一台好用的望远镜。
